商业秘密对于企业的重要性日益显现，企业建立商业秘密保护不仅可以有效商业秘密，也防止企业在发生商业秘密纠纷时处于不利地位。企业建立商业秘密保护体系应从制度层面、人员管理、保密技术措施以及保密文化方面着手。
一、建立管理机构
商业秘密保护需要企业全员参与，全员执行，且渗透到企业各个方面的工作中，因此企业商业秘密保护体系的建立和执行需要最高权力去参与推动和监督。
企业可以根据自身情况设立专职人员管理，或由在职人员兼职管理。基本的组织架构可以为企业高层管理者-保密委员会-各部门保密职能人员。保密委员会职能为指定商业秘密保护方针、制度，指导和监督企业保密措施的实施等。
二、确定商业秘密范围（定密）
商业秘密包括与技术有关的结构、原料、组分、配方、材料、样品、样式、植物新品种繁殖材料、工艺、方法或其步骤、算法、数据、计算机程序及其有关文档等技术信息，以及与经营活动有关的创意、管理、销售、财务、招投标材料、客户信息等经营信息以及其他任何有价值的经营信息。
由于商业秘密的专业性，需要各相应商业秘密信息产生和使用部门对商业秘密的范围进行确认。评估信息的产生投入成本、信息的经济价值、泄密后产生的经济损失、竞争对手对研发获取或方向工程的难以程度等因素，确认哪些信息应当归入企业的商业秘密保密范围。同样商业秘密信息的新增及排除需要及时整理和更新。在确定商业秘密信息后，对其进行等级划分，如按“绝密”“高级机密”“一般机密”。本部分工作也是后续制定保密措施的基础。
三、制度建立
制定商业秘密定密权限、流程，涉密人员管理，涉密分级管理，涉密区域管理，设备及信息系统管理，涉密事件处理等有关规定。其中，需要注意以下要点：
1、涉密人员管理：
企业在招聘时应注意，应了解应聘者是否掌握前雇主商业秘密，应告知不得在本单位工作时侵权前雇主商业秘密，不违反与前雇主签订的竞业限制协议等的承诺。同时在入职时做出知悉承诺或签署保密承诺书。根据招聘岗位是否涉密，拟签订竞业限制协议。
对于在职员工，通过员工培训，查阅公司保密制度，熟知其保护商业秘密的权利和义务。按照其等级权限接触相关等级的商业秘密，对其所有的触密行为予以留痕。发生岗位变动时，应督促做好保密材料交接，做好涉密权限的调整。
对于离职员工，要求并监督离职员工返还、清除、销毁其接触或获取的商业秘密及其载体。根据该员工的工作岗位、接触的商业秘密信息，评估是否需要履行其签署的竞业限制协议或重新签署竞业限制协议；对负有保密义务及签订竞业限制的员工，对其离职后的去向进行定时追踪，以便能及时发现涉密信息泄密或不正当使用的线索。
对于外部合作方，在需要或有可能接触到企业商业秘密的，需要签订保密协议，对保密信息的范围、用途、使用、披露等做明确约定，以及相应违约责任。在合作完成或终止合作时，要求合作方对商业秘密进行返还、清楚、销毁等措施，保证不再保留有涉密载体和涉密权限。
2、涉密载体管理
商业秘密以有形载体（包括纸介质、移动储存介质、计算机等物品，电子文档、视频等电子介质）的形式出现，对于纸介质、移动储存介质，应当按保密等级标识“机密”或“绝密”等。对于电子介质，应当设定秘钥等保密措施。对于同时对涉密载体的申请、查看、下载、发送、使用等保留记录。
3、涉密区域管理
对于存放商业秘密的区域，如档案室、研发区域等，应当设定准入权限，并且粘贴明显的保密标识。对进出人员进行记录。
四、营造保密氛围
因商业秘密保护是全员参与，且大部分人对于商业秘密的保护不够重视，所以对于企业内部商业秘密保护的氛围和文化营造至关重要。
培训宣讲是提升全员商业秘密保护意识的重要手段。在制定了完善的商业秘密管理制度、采取了相应的保密措施的基础上，定期或不定期地进行培训和宣传，结合典型案例向员工介绍商业秘密的概念和侵犯商业秘密的法律后果，普及法律知识。另外，在办公场所张贴有关商业秘密保护的标语、法律知识，将商业秘密保护作为定期考核的内容之一，等等措施，营造商业秘密保护的氛围，提高全员的商业秘密保护意识，这样才能将保密措施有效贯彻实施下去。
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